Περισσότερα από τα μισά ποτάμια της Ελλάδας βρίσκονται σε άσχημη οικολογική κατάσταση σύμφωνα με τις μετρήσεις των επιστημόνων. Eνδεικτικά:

Στο μεγαλύτερο τμήμα του έχει κακή ποιότητα υδάτων και παρουσιάζει μορφολογικές αλλοιώσεις καθώς π.χ. ένα τμήμα του έχει εγκιβωτιστεί. Αρα ακόμα και αν βελτιωθεί η ποιότητα των νερών του είναι απίθανο να επανέλθουν η πανίδα και η χλωρίδα που υπήρχαν πριν γίνουν οι ανθρώπινες παρεμβάσεις.

Και όμως ο συγκεκριμένος ποταμός έχει κυρίως ποιοτικό και λιγότερο ποσοτικό πρόβλημα. Ο ποταμός δέχεται τις αποπλύσεις από γεωργικά φάρμακα και λιπάσματα επειδή ο κάμπος της Θεσσαλίας καλλιεργείται εντατικά. Επίσης στον Πηνειό «πέφτουν» τα λύματα από τις βιομηχανίες της περιοχής όπως και από τα σφαγεία που παρά τη νομοθεσία δεν επεξεργάζονται τα απόβλητά τους.

Παρουσιάζει προβλήματα όσον αφορά τόσο την ποσότητα όσο και την ποιότητα του νερού κυρίως λόγω των επικίνδυνων αποβλήτων από τις βιομηχανίες που χύνονται χωρίς επεξεργασία στον ποταμό.

Ποιοτικά κυρίως προβλήματα καθώς δέχεται πολλά ανεπεξέργαστα αστικά λύματα και τις αποπλύσεις από τις εντατικές καλλιέργειες με αποτέλεσμα να αναπτύσσονται πολλά θρεπτικά συστατικά που ευνοούν την «παραγωγή» μικροοργανισμών.

Το κυριότερο πρόβλημα είναι η ποσότητα των υδάτων. Συχνά η ροή είναι πολύ μικρή. Χαρακτηριστικά, το 2007 το 80% του ποταμού είχε εξαφανιστεί λόγω της ξηρασίας. Επίσης προκειμένου να εξυπηρετηθούν οι ανάγκες άρδευσης, οι αγρότες με άδεια της νομαρχίας κάθε καλοκαίρι «στήνουν» χωμάτινα φράγματα σε πολλά σημεία του ποταμού προκειμένου να συγκρατηθεί το ελάχιστο νερό και να μπορούν να ποτίσουν. «Η τακτική αυτή εκτός του ότι είναι παράνομη, ουσιαστικά επιβαρύνει την κατάσταση του ποταμού» τονίζει ο κ. Χατζηνικολάου.

Ο ποταμός έχει κυρίως ποιοτικά προβλήματα.

Διακόπτεται συνέχεια από φράγματα που σχηματίζουν τεχνητές λίμνες κάτι που δεν επιτρέπει στη φυσική χλωρίδα και πανίδα του ποταμού να αναπτυχθεί φυσιολογικά.

Μορφολογικά και ποιοτικά προβλήματα.

Τα νερά του ποταμού έχουν κακή ποιότητα. Στο κατώτερο τμήμα του εκτελούνται έργα (ΠΑΘΕ, Σιδηρόδρομος) που έχουν αλλάξει τη μορφολογία του.