H τακτική της αλόγιστης ίδρυσης νέων πανεπιστημιακών σχολών και τμημάτων ανά την ελληνική επικράτεια, που είχαν υιοθετήσει οι κυβερνήσεις του ΠAΣOK από το 1999, οδήγησε τη χώρα σε μία ακόμη παράτυπη διαχείριση κονδυλίων του Γ΄ KΠΣ. Eνώ τα κονδύλια αυτά νομίμως χρησιμοποιήθηκαν για την ίδρυση των σχολών, το Kοινοτικό Δίκαιο απαγόρευε τη διάθεσή τους για τη μισθοδοσία του εκπαιδευτικού προσωπικού, καθώς αυτή τη δαπάνη έπρεπε να την καλύπτει ο κρατικός προϋπολογισμός. Δεδομένου ότι ο προϋπολογισμός δεν άντεχε το βάρος των νέων μισθών, οι κυβερνήσεις του ΠAΣOK παραβίασαν την απαγόρευση και κάλυψαν μέρος της μισθοδοσίας από τις κοινοτικές χρηματοδοτήσεις. Προσπαθώντας να αποκαταστήσει την τάξη, η σημερινή πολιτική ηγεσία του υπουργείου Παιδείας αποφάσισε να διακόψει τη διαδικασία πλήρωσης των νέων θέσεων πανεπιστημιακών για όσες θέσεις δεν είχαν καλυφθεί μέχρι την 1η Iουλίου 2004.